Après l'annonce, le 3 février, du projet sélectionné pour l'aménagement du Grand Palais, Jean-Jacques Aillagon, ministre de la Culture de 2002 à 2004, a remis en cause la gestion financière de l'établissement et l'organisation générale de ses différents espaces le 6 février dans L'Opinion. La critique ne vise pas l'agence LAN (Local Architecture Network) qui « a déjà prouvé son talent », selon Jean-Jacques Aillagon, mais le projet en lui-même, tel qu'il a été voulu par la Réunion des musées nationaux-Grand Palais (RMN-GP). Il reproche à son président, Jean-Paul Cluzel, un « manque de vigueur » et une certaine « pusillanimité ». En ce qui concerne le financement du projet, l'ancien président du château de Versailles (2007-2011) déclare qu'il aurait été plus judicieux de « déléguer à un opérateur privé l'exploitation de la partie commerciale du bâtiment », afin d'alléger la charge de l'institution. Si la RMN-GP « se propose de dégager sur le bénéfice de son exploitation une part du financement de l'opération, on sait que celle-là pèsera significativement sur les crédits du ministère de la Culture », explique-t-il. Selon les prévisions annoncées, l'augmentation de la capacité d'accueil de l'établissement et de son taux de fréquentation permettrait d'obtenir une hausse significative de sa capacité d'autofinancement (de 9,4 à 22,6 millions d'euros). L'établissement serait alors en mesure de rembourser son prêt de 228 millions d'euros sur une période de vingt à trente ans. Interrogé par Le Monde, Jean-Paul Cluzel précise que l'implication du secteur privé aurait considérablement changé la nature du projet et la vocation culturelle de l'établissement. En ce qui concerne l'identité de l'établissement et de l'organisation de ses différents espaces, Jean-Jacques Aillagon estime que « l'État aurait été bien inspiré de rationaliser le déploiement de ses activités propres dans ce bâtiment ». Selon lui, le Palais de la découverte, désormais géré par Universciences, aurait logiquement dû « rejoindre la Cité des sciences et de l'industrie afin de consolider, à la Villette, un grand pôle de culture scientifique ». Pour Jean-Paul Cluzel, le fait de maintenir le lien entre ces deux établissements est un choix cohérent. Le projet prévoit d'ailleurs une entrée commune pour inciter le jeune public à se rendre dans les différents espaces.