Nommé en janvier 2019 à la direction de l'École nationale supérieure des Beaux-Arts de Paris par Franck Riester, Jean de Loisy a confirmé qu'il ne se représentera pas à l'issue de son mandat, qui prend fin en janvier 2022. « Nous avons transformé beaucoup de choses au cours de ces trois dernières années qu'il va être important de consolider dans les années à venir, nous affirme-t-il. La pacification des Beaux-Arts est en bonne voix et je pense qu'il est important de nommer quelqu'un de large d'esprit, d'engagé sur la compréhension du présent. » Resté 3 ans à la tête de l'établissement parisien, Jean de Loisy recommande à son successeur ou sa successeuse de briguer un mandat plus long, « un contrat de 5 ans » pour pouvoir ancrer davantage son action au sein de l'école. Il espère également que la personne qui prendra le relais trouvera un « équilibre entre la partie musée et la partie école » de l'institution. De son côté, Jean de Loisy entend reprendre ses premières occupations et « revenir à une vie de commissaire indépendant ».