Il était installé dans la citadelle de Port-Louis, petite ville côtière de la communauté d’agglomération de Lorient, depuis 1984. La mairie de Lorient vient de lancer « une étude de faisabilité, technique et financière » pour déménager en 2022 ou 2023, dans un nouveau bâtiment, « son » musée de la Compagnie des Indes (labellisé « musée de France ») au Péristyle (ex-Enclos du port), zone occupée initialement par les bâtiments de la célèbre compagnie maritime. Une étude de pré-programmation d’un montant de 100 000 euros a été votée. Ce déménagement « se traduirait par la commande d’un projet architectural et muséographique ». Depuis son ouverture, le musée a reçu plus de 1,5 million de visiteurs.
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