La Cour des comptes pointe en premier lieu les errements du chantier, émaillé d'une longue série d'arrêts et de remises en question entre 2000 et 2008, et le statut juridique choisi pour l'institution. L'ampleur du projet exigeait une gouvernance débarrassée des lourdeurs administratives propres aux services à compétence nationale. Pourtant, il a fallu attendre 2013 pour que le musée devienne finalement un établissement public, neuf ans après la rédaction du décret instituant l'EPA. « Ces tergiversations sur le statut juridique du MuCEM ont conduit à une duplication des structures de préfiguration, à une dispersion géographique entre Paris et Marseille des équipes chargées du projet […], à une dilution des responsabilités et à un alourdissement des coûts de fonctionnement et de personnel », explique le texte. À cela s'ajoute une gestion des ressources humaines « défaillante » multipliant les effectifs au gré des structures de préfiguration. Ces faiblesses constituent pour la Cour les raisons de la dérive budgétaire (une augmentation de près de 82 % du coût des travaux, et un coût global de l'opération estimé à 350 millions d'euros) et du retard de quatre ans pris pour l'ouverture du musée. L'agence Rudy Ricciotti est ainsi…
Le MuCEM dans le viseur de la Cour des comptes
« Un objet culturel mal identifié » ; « un musée à l'avenir mal assuré » ; « un processus décisionnel chaotique » ; « une définition muséographique mouvante » ; « une préfiguration et un portage juridique dispendieux »… Les titres du rapport rédigé par la Cour des comptes sur le musée des civilisations de l'Europe et de la Méditerranée (MuCEM), à Marseille, publié au sein du rapport public annuel 2015 de la juridiction financière, sont éloquents. La Cour des comptes dresse un bilan sévère de la gestation du musée marseillais.